فقه و اصول از مهمترین علوم حوزوی و مادر علوم دینی به شمار می‌آید. مرکز تخصصی فقه و اصول متشکل از سه مقطع تحصیلی سطح سه، چهار و دوره عالی است. سطح 3 دارای 102 و سطح 4 دارای 88 واحد درسی است و طلاب پس از نوشتن پایان‌نامه و دفاع از آن موفق به اخذ دانشنامه می‌شوند. دوره عالی فقه نیز با هدف تربیت بانوان صاحب‌نظر فقهی برای فارغ‌التحصیلان سطح 4 اجرا می‌شود.
آیت‌الله اعرافی با بیان اینکه حوزه علمیه خواهران باید اندیشه های متعالی دین را در دنیا منعکس کند، گفت: امروز جامعه‌الزهرا به پایگاه بزرگ و اثرگذار در ایران و جهان تبدیل شده است و با توجه به بین المللی بودن آن، باید جایگاهی برای هدایت بانوان عالم باشد
مدیر جامعه‌الزهرا(س) تشریح کرد: برنامه‌های پیش روی جامعه‌الزهرا(س) در سال تحصیلی جاری/مراحل چهارگانه طلبه موفق جامعه‌الزهرا(س)